กรุงเทพมหานคร ได้วางแผนและดำเนินการแก้ไขปัญหาความเน่าเสียของน้ำในคูคลอง และแม่น้ำมาอย่างต่อเนื่อง โดยการก่อสร้างระบบบำบัดน้ำเสียรวมและปรับปรุงระบบบำบัดน้ำเสียที่รับโอนจากการเคหะแห่งชาติ ปัจจุบันมีระบบบำบัดน้ำเสียที่เปิดบริการแล้วมีขีดความสามารถในการบำบัดน้ำเสียรวมทั้งสิ้น 1,136,800 ลบ.ม./วัน อย่างไรก็ตาม การเจริญเติบโตของพื้นที่ชานเมืองโดยเฉพาะในเขตมีนบุรีและพื้นที่ต่อเนื่องได้มีการขยายตัวอย่างรวดเร็ว น้ำเสียที่เกิดจากบ้านเรือนและสถานประกอบการต่างๆ ยังคงมีการปล่อยทิ้งลงคลองโดยตรง ส่งผลให้คุณภาพน้ำในคลองเสื่อมโทรมมากยิ่งขึ้น กรุงเทพมหานคร (สำนักการระบายน้ำ) จึงจำเป็นต้องดำเนินการโครงการบำบัดน้ำเสียมีนบุรี ระยะที่ 2 เพื่อฟื้นฟูคุณภาพน้ำของคลองต่างๆ ในพื้นที่โครงการ ได้แก่ คลองแสนแสบ คลองบางชัน คลองครุ คลองญี่ปุ่น คลองลาดบัวขาว คลองเจ๊ก คลองสามวา และคลองบ้านเกาะบัวขาว เป็นต้น และเพื่อให้สอดคล้องตามที่คณะรัฐมนตรีได้มีมติให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องรับไปดำเนินการตามแผนหลักการพัฒนาฟื้นฟูสภาพเเวดล้อมคลองเเสนเเสบ ซึ่งโครงการบำบัดน้ำเสียมีนบุรีระยะที่ 2 เป็นหนึ่งในโครงการตามแผนปฏิบัติการดังกล่าว