ระบบบำบัดน้ำเสียขั้นที่ 3 (Tertiary Treatment) ซึ่งระบบในส่วนนี้ออกแบบใช้กรณีที่น้ำเสียเข้าสู่ระบบมีความเข้มข้นของฟอสฟอรัสเกินจากมาตรฐานน้ำทิ้งที่กำหนด และใช้เป็นระบบผลิตน้ำนำกลับมาใช้ใหม่ (Reuse Water) โดยประกอบด้วยระบบกรอง และระบบกำจัดเชื้อโรคด้วยรังสียูวี เพื่อใช้ประโยชน์ในกิจกรรมต่างๆ ทั้งภายในโรงบำบัดน้ำเสียและ ภายนอกโรงบำบัดน้ำเสีย