ระบบจัดการตะกอน (Sludge Treatment) ประกอบด้วยถังเก็บน้ำตะกอน เครื่องรีดน้ำออกจากตะกอน และระบบขนถ่ายและลำเลียงตะกอนออกไปบำบัดต่อที่โรงควบคุมคุณภาพน้ำหนองแขม ซึ่งเป็นศูนย์กลางบำบัดตะกอนน้ำเสียของ กทม.