กองระบบคลอง

มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. พัฒนาประสิทธิภาพคู คลอง และแหล่งน้ำ ในการแก้ไขปัญหาน้ำท่วมและภัยแล้ง
2. ก่อสร้างเขื่อนริมคลอง เพื่อป้องกันน้ำท่วมในพื้นที่กรุงเทพมหานคร
3. พัฒนาภูมิทัศน์ริมคลองและสร้างการมีส่วนร่วมของประชาชนในการดูแลและบำรุงรักษาคู คลอง และอนุรักษ์วัฒนธรรมประเพณีทางน้ำ
4. จัดเก็บขยะ กำจัดวัชพืชผักตบชวาในคู คลอง และแหล่งน้ำ
5. บำรุงรักษาสภาพทางระบายน้ำคู คลอง บึงรับน้ำและป้องกันสิ่งก่อสร้างในคู คลองและแหล่งน้ำสาธารณะ
6. พิจารณาอนุญาตสิ่งก่อสร้างผ่านคู คลอง และแหล่งน้ำ
7. ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

แบ่งส่วนราชการดังนี้
1. ฝ่ายบริหารงานทั่วไป
1. งานสารบรรณและบริหารงานทั่วไป
2. งานอำนวยการและประสานราชการ
3. งานพัสดุ
4. งานการเจ้าหน้าที่และวินัย
5. งานการคลังและงบประมาณ
6. งานประชาสัมพันธ์
7. งานควบคุมดูแลสถานที่และยานพาหนะ
8. ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

2. กลุ่มงานพัฒนาระบบคลอง 1
1. พัฒนาประสิทธิภาพคู คลอง และแหล่งน้ำ เพื่อใช้ในการแก้ไขปัญหาน้ำท่วมและภัยแล้ง
2. ก่อสร้างเขื่อนริมคลอง เพื่อใช้ในการป้องกันน้ำท่วม
3. ปรับปรุงภูมิทัศน์ริมคลองโดยใช้สิ่งก่อสร้างต่าง ๆ
4. พิจารณาอนุญาตสิ่งก่อสร้างผ่านคู คลองและแหล่งน้ำและการแก้ไขข้อร้องเรียนต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับ
คู คลองให้กับภาคเอกชนและหน่วยงานอื่นๆ
5. ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
โดยรับผิดชอบพื้นที่ จำนวน 28 เขต ได้แก่ ดุสิต ราชเทวี พญาไท
บางซื่อ จตุจักร บางเขน หลักสี่ ดอนเมือง ดินแดง สายไหม ห้วยขวาง บึงกุ่ม
บางกะปิ มีนบุรี คลองสามวา ลาดพร้าว หนองจอก สะพานสูง วังทองหลาง
พระโขนง สวนหลวง ประเวศ ลาดกระบัง บางนา วัฒนา คลองเตย ปทุมวัน
และคันนายาว

3. กลุ่มงานพัฒนาระบบคลอง 2
มีอำนาจหน้าที่เช่นเดียวกับกลุ่มงานพัฒนาระบบคลอง 1
โดยรับผิดชอบพื้นที่ จำนวน 22 เขต ได้แก่ พระนคร
ป้อมปราบศัตรูพ่าย สัมพันธวงศ์ บางรัก ยานนาวา สาทร
บางคอแหลม คลองสาน ธนบุรี จอมทอง ทุ่งครุ บางขุนเทียน
บางบอน ราษฎร์บูรณะ บางพลัด บางกอกน้อย บางกอกใหญ่
ตลิ่งชัน บางแค ภาษีเจริญ หนองแขม และทวีวัฒนา

4. กลุ่มงานบำรุงรักษาคลอง 3
มีอำนาจหน้าที่เช่นเดียวกับกลุ่มงาน
บำรุงรักษาคลอง 1 โดยรับผิดชอบพื้นที่
จำนวน 6 เขต ได้แก่ หนองจอก มีนบุรี
ประเวศ ลาดกระบัง สะพานสูง
และคลองสามวา

5. กลุ่มงานบำรุงรักษาคลอง 4
มีอำนาจหน้าที่เช่นเดียวกับกลุ่มงาน
บำรุงรักษาคลอง 1 โดยรับผิดชอบพื้นที่
จำนวน 15 เขต ได้แก่ คลองสาน จอมทอง
ตลิ่งชัน ทวีวัฒนา ทุ่งครุ ธนบุรี บางกอกใหญ่
บางกอกน้อย บางขุนเทียน บางแค บางบอน
บางพลัด ภาษีเจริญ ราษฎร์บูรณะ
และหนองแขม